2009年，当(dang)麻(ma)纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加(jia)濑亮 饰）相识(shi)的前一年。在美国(guo)FBI学(xue)成(cheng)归来的当麻被分在警视厅公安部(bu)公安(an)第(di)五课未详事件特别对策系(xi)，接受组长(zhang)野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型(xing)石油企业高管(guan)接连被人杀害，死者(zhe)的(de)心脏(zang)无一例外都(dou)留(liu)下被人(ren)用手捏过的痕迹。显而易见(jian)，这(zhe)一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业(ye)高管Diablo（大杉涟 饰(shi)）高(gao)薪(xin)聘请神(shen)秘(mi)SPEC持(chi)有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡(dang)神秘的SPEC杀手(shou)。一十(shi)一(yi)，这个日后与当麻和濑(lai)文有着不解渊源的难缠(chan)敌手将当麻视(shi)作杀害父(fu)母的爆弹女(nv)，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。
　　SPEC宏大篇章(zhang)自此拉开序幕(mu)，决定世界(jie)命(ming)运的重(chong)大(da)事件也(ye)进入(ru)了倒(dao)计时(shi)……