继续延(yan)续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错(cuo)误(wu)后和史考莉串通好来(lai)骗政府高层，以潜入一个“作为一个(ge)普通FBI特别探员不该进(jin)入的地(di)方”搜集需要的资料。本季发展越来越精(jing)彩，一些没有被完全改造的混血(xue)外星人联合(he)起(qi)来(lai)抵(di)抗殖民(min)阴谋。史考莉(li)被绑架(jia)时子宫(gong)被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉(li)。今(jin)年(nian)制作小组(zu)甚至(zhi)找(zhao)了两(liang)位知名(ming)科幻小说家操笔，客串(chuan)写出两(liang)集剧本。另(ling)外今年也(ye)有一集喜剧。整(zheng)出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内(nei)容(rong)，“辛迪加(jia)”组织(zhi)的阴(yin)谋越来越明显，穆德再一(yi)次(ci)接近事实的真(zhen)相。穆德(de)前女友(you)的出现(xian)也(ye)对穆德与史(shi)考莉间的(de)关系(xi)做(zuo)出重大考(kao)验。该季结束于吸烟(yan)人烧毁(hui)了所有X档案(an)卷宗。