在(zai)百子成(cheng)功渡(du)过地表入侵，山地基因危机，Ari智能(neng)危机以及天幕(mu)辐射危机的5年后，天空(kong)人和小oHeda领(ling)导(dao)的地表(biao)人又回到了地面。
　　在重建家(jia)园的时候，意外发(fa)现大战前美国国防建立的海底智能化基地(di)由(you)于(yu)备(bei)用供电终止，浮出水面(mian)。
　　在(zai)探索后发现，基地(di)并(bing)没有幸存者(zhe)。
　　在修好了供电设备(bei)后，天空人进入了海底(di)基地的(de)控制系统，原(yuan)来这是在冷战时(shi)期就开始(shi)研(yan)发的太空战基地，之所以修在(zai)海底是为了安全和保(bao)密。
　　海(hai)底(di)基地可(ke)以接入还在运行的军(jun1)事卫(wei)星，意外发现美(mei)国已经偷偷和宇宙的神族文明取得了联系，神(shen)族文明(ming)的外交舰队已(yi)在百年前出发，现在已进(jin)入银河系的边缘。
　　神族(zu)文(wen)明发现地(di)球文明已经(jing)不复存在。
　　同时ari当时备份(fen)在(zai)宇宙空(kong)间站(zhan)的系(xi)统错误判(pan)定神族(zu)文明的来(lai)意(yi)，希(xi)望他们(men)能帮助人类(lei)重建家园。
　　然而神族文(wen)明却已开始了(le)殖民地球的计划。
　　外交舰队的任务是(shi)消(xiao)灭地球残留文明建立新(xin)的秩序。
　　天(tian)空人和地表人将(jiang)如(ru)何利(li)用地(di)球倒退的文明击败宇宙(zhou)神族将是(shi)本季的亮(liang)点(dian)。
　　基本剧(ju)情设定，神族文明(ming)也是碳基(ji)生(sheng)物，具有和(he)人类相似的外(wai)形，其武器也是基于量子(zi)力(li)学(xue)开发(fa)的，只不过比人类当(dang)年科技全胜的要先进。
　　神族文明(ming)当年和地(di)球文明互(hu)相发现后，认为地球(qiu)文明的科技(ji)具(ju)有爆炸性，未必能在到达(da)地球后(hou)仍保持技术领先，不过由(you)于(yu)对于未知(zhi)世界的好奇，他们派出了2艘星舰和1w名神(shen)族战(zhan)士的(de)外交舰队。