1992年(nian)，日政府在(zai)关西的筑波建立国际哥斯(si)拉对策中心。世界(jie)科技(ji)精(jing)英(ying)共聚一堂，合力研究(jiu)一部(bu)G超武器—机(ji)械哥斯拉。以大前(qian)博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时(shi)，发现(xian)了一只完整无缺(que)的(de)蛋。当(dang)团员把蛋带回京(jing)都时飞(fei)翼龙拿顿(dun)出现并攻击考(kao)察(cha)团一行人。这时(shi)哥斯拉亦在(zai)亚度(du)诺亚岛出现，两只怪兽(shou)由海上战斗到陆上……