正(zheng)享受短(duan)暂假期的(de)公安(an)九课(ke)少校草薙素子(zi)（坂本真绫 配音(yin)）突然(ran)接到(dao)巴特（松田健一郎 配音）的报告，西之内某处大厦遭受(shou)恐怖分(fen)子袭击，政府高(gao)官和(he)商业巨擎被(bei)人杀害。在草薙的(de)指挥下，九课的石川(chuan)、波玛、帕(pa)兹、巴特等人(ren)通力合作(zuo)，将恐(kong)怖(bu)分子彻底制服(fu)，但草薙在行动(dong)中意外受到神秘病毒(du)感(gan)染。在西之(zhi)内恐怖袭(xi)击(ji)的同时(shi)，远郊的水坝发生(sheng)爆炸案(an)。新滨县(xian)刑警陀古萨(sa)（新垣樽助(zhu) 配音）传唤水坝管理企业负责人沙(sha)特博士，对方是来自(zi)饱经战(zhan)火的卡森共和国的(de)卡(ka)尔迪斯人。受警方高层(ceng)施压(ya)，陀古萨(sa)没有得到(dao)任何有用信息。另一方面，草薙一方得知恐怖分子(zi)的真实身份，正是卡尔迪(di)斯(si)的游击队组织。两起案件意(yi)外联系在一起，其背(bei)后(hou)隐藏怎样的(de)真相？
　　本片根据士郎(lang)正宗的原作改编，为攻壳机动(dong)队前传“ARISE”的第三部(bu)。