被人类用基因技术克隆(long)出来的(de)最强宠物小精灵超(chao)梦（市(shi)村正亲 配音）带着对自我身份(fen)的疑惑和对人类强大(da)的愤怒逃(tao)离(li)了(le)科研所(suo)，它(ta)宣(xuan)布要对制造出自己的人类进行复仇。
　　已经得到(dao)了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成(cheng)为宠物小(xiao)精灵训(xun)练大师为目标而不(bu)断(duan)的旅行，他(ta)带(dai)着(zhe)皮卡丘(qiu)（大谷育江 配音）和同(tong)伴小(xiao)霞（饭冢雅弓 配音）小(xiao)刚（上(shang)田佑司 配音(yin)）刚(gang)结束了和训练(lian)家的对(dui)战(zhan)，接着收到了一封神(shen)秘人的(de)邀请函，邀请他们参(can)加世上最强的小精灵训(xun)练家的宴会(hui)。地点是(shi)新岛宠物小(xiao)精灵城，这是最强训练家的邀请。他(ta)们很(hen)痛快的(de)答应了，小智(zhi)一(yi)行人穿过(guo)了狂风(feng)暴雨的(de)海岸终于到达(da)了新岛。一位叫乔伊的医生带(dai)领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的(de)宠物小精灵(ling)训(xun)练家(jia)出场。没(mei)想(xiang)到出现在大家面前的竟然(ran)是超梦。超(chao)梦的报复究(jiu)竟是什(shi)么(me)呢，一场(chang)大战即将开始......