故事(shi)描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁(sui)的少年来(lai)到野原广志和(he)美冴(hu)的(de)家里，告诉他们自己是广志(zhi)和(he)美冴的(de)5岁儿子新之助的(de)亲生母亲(qin)。二人留宿的当晚(wan)，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑(bang)架了。屁祖(zu)隐(yin)家是忍者的(de)故乡(xiang)，世(shi)代守护着地球的能(neng)量“宁特鲁”的家(jia)族(zu)。于是，地(di)球的存亡就交(jiao)给了(le)新之助的忍(ren)法(fa)。