为了(le)给(gei)最(zui)疼(teng)爱的小(xiao)老弟菜鸟（克里(li)斯(si)多夫·奈茨(ci) Christopher Knights 配音）庆(qing)生，老大（汤姆(mu)·麦格拉思(si) Tom McGrath 配音）带(dai)领菜鸟以(yi)及好搭档科斯基（克里斯·米勒 Chris Miller 配音）、瑞哥闯入了防守(shou)最严密的美国(guo)黄金储备中心，只为(wei)找到金库尽(jin)头(tou)仅(jin)有的那台销售(shou)炸薯(shu)条的(de)自动贩(fan)卖机。谁知(zhi)他们刚刚完成(cheng)任务没多久，便被长着触角的贩卖机吞(tun)了进(jin)去，随(sui)后(hou)被(bei)运到一个(ge)神秘(mi)的所在(zai)。在全封闭的设施内，四(si)只企鹅见到了(le)伪装成(cheng)基因遗传科学家的章鱼戴夫（约翰·马尔科维奇 John Malkovich 配音(yin)）。原来戴夫曾是(shi)动物园一(yi)只明星章鱼，但随着萌态十(shi)足的企鹅们的到(dao)来，他便跌入了绝望的深(shen)谷。因此戴夫(fu)潜心研制了可怕的血清，发誓要向所有他曾待过的(de)动物园(yuan)中的企鹅(e)展开报(bao)复(fu)。
　　老大和伙(huo)伴们在(zai)逃亡途中(zhong)得到北风特(te)工队的救助，而他们和这(zhe)些高(gao)傲的(de)特工队员(yuan)将分别阻止戴(dai)夫的阴谋……