漆(qi)黑(hei)的夜晚(wan)，一名(ming)间谍悄然潜入日本警方某机构，盗(dao)走了记(ji)载着各国谍报机构重(chong)要(yao)数(shu)据(ju)的绝密(mi)文(wen)件的绝密数据。日本警方和FBI探员(yuan)赤井秀一（池(chi)田秀一(yi) 配音）旋即与间谍展开(kai)追逐。最后，逃亡者(zhe)的车(che)辆(liang)坠落(luo)悬崖。第(di)二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们(men)来到东都水(shui)族馆观光，结(jie)果发现一(yi)名受伤的美丽女(nv)子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身(shen)上的手机(ji)也破损无法(fa)使(shi)用。柯南等人答(da)应要帮她恢复记(ji)忆(yi)，当他们(men)七嘴八舌(she)之际，藏在(zai)暗处的黑(hei)衣(yi)组(zu)织成员贝尔摩德(de)（小山(shan)茉美 配音(yin)）冷冷地注视着这一切。在相(xiang)处(chu)过程中，女子非凡的身手和奇怪的(de)言(yan)行举止让灰原哀（林原惠美 配(pei)音）对(dui)其真(zhen)实身(shen)份产(chan)生怀疑(yi)。
　　刚刚还(hai)一派祥(xiang)和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着(zhe)那名(ming)神秘女(nv)子技(ji)艺的恢复，自己马(ma)上就要被卷入黑暗组(zu)织的杀戮和混乱(luan)之(zhi)中……