自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面(mian)的少(shao)女，这种(zhong)非现实(shi)的(de)情(qing)节出现(xian)在了上条当(dang)麻的眼前。虽然(ran)在这(zhe)个(ge)城市——最先(xian)进科学引导的(de)学院(yuan)都市中(zhong)，超能力已经(jing)可以通(tong)过科学技术(shu)创造出来，但是眼前(qian)这(zhe)位自称“茵蒂克(ke)丝”的少女还是把上(shang)条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔(mo)导(dao)书而被(bei)魔法师追杀，而上(shang)条当(dang)麻靠自(zi)己的超能(neng)力也认定了少(shao)女(nv)的(de)魔法。少女以(yi)危险为由(you)离开上条家(jia)，上(shang)条如往日一般去学校学习，但放学回家，却(que)发现茵蒂克丝倒(dao)在血(xue)泊之中。在(zai)科学与魔术交叉的世界(jie)中，上(shang)条当麻与茵蒂克丝的(de)故事开始了。