丰(feng)国商事在北海(hai)道纹(wen)别地区一直(zhi)进行着森林(lin)采伐，作(zuo)为现(xian)场监督人(ren)员的后藤裕一无意中(zhong)发(fa)现了隐藏(cang)在这片森(sen)林(lin)之 中的古代遗迹(ji)并将埋藏在这片(pian)遗迹中(zhong)的一枚盾牌(pai)拿(na)了回去(qu)。
　　其实这片遗迹是妖精族留下(xia)来(lai)的(de)，在(zai)此(ci)地还 封印(yin)了一个叫做帝斯(si)基多拉(la)的宇宙怪兽。6500万年(nian)前从外(wai)星而来的它毁灭了一切植物(wu)，导致了恐(kong)龙灭绝，而那枚盾牌正是用来封印怪兽(shou)帝斯基多拉的(de)。
　　对此毫不知情的裕一(yi)将这枚(mei)盾牌带回了位于都(dou)内自己的 家并把它作为挂饰(shi)送给(gei)了自己的女儿(er)，然(ran)后自己(ji)又返(fan)回到(dao)了采伐(fa)现场(chang)。黑色妖精贝(bei)拉贝拉飞来抢夺这(zhe)枚盾牌并(bing)与(yu)对立派莫儿(er)、罗(luo)拉姐妹展开了盾牌争(zheng)夺战。在被莫儿、罗拉(la)姐妹告知盾(dun)牌和封印的(de)由来的后藤一家与莫儿(er)、罗(luo)拉(la)姐妹一起准(zhun)备前(qian)往纹别。但(dan)在纹(wen)别的却出(chu)现了一块巨大的岩石。在后藤一家的协助之(zhi)下(xia)罗拉(la)姐妹夺回了盾牌，但是怪兽(shou)帝(di)斯基多拉(la)却从岩石中复活了(le)。它像恶魔一(yi)样恐怖(bu)。为了打到怪兽帝斯基多(duo)拉，莫儿召唤来了摩斯(si)拉。但是摩斯(si)拉刚刚产完卵(luan)，寿命不长的她和怪兽之间陷入(ru)了(le)苦战。为了助自己母(mu)亲一(yi)臂之力早产的 幼虫通过自(zi)己的(de)丝和光线支(zhi)援母亲作战(zhan)。
　　摩斯(si)拉不断挑战怪兽(shou)，使水库决堤成功的将怪兽逼到了对岸(an)，但是(shi)摩(mo)斯(si)拉拼(pin)尽了全力最(zui)终沉入了海底。在(zai)这之后(hou)，幼虫(chong)在屋(wu)久島(dao)充分吸收了(le)森林的能量新的(de)摩斯拉再次诞生了。于此(ci)同(tong)时怪兽(shou)也已经(jing)重新恢复到毁(hui)灭地球时(shi)的完 全状态，新的摩斯(si)拉与怪(guai)兽(shou)再次交战，他以(yi)压倒性(xing)的(de)力量和优势再(zai)次将怪兽(shou)封(feng)印到了地下。此后，摩(mo)斯拉让被怪(guai) 兽烧掉的已成荒芜(wu)的北(bei)海道瞬间重获绿(lv)色，并和莫(mo)儿、罗(luo)拉姐妹一起返回到了家乡。