正在调查坠落在(zai)太平洋(yang)上的不明(ming)飞行物(wu)体(ti)的(de)海(hai)上自卫队二(er)尉(wei)有动贵文(wen)（大澄贤也），遇到(dao)了突然出现的蓝光(guang)，受发光体的(de)影响，导致遗传(chuan)因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫(wei)厅内(nei)的特(te)殊机关BCST（对生物(wu)工程学的研(yan)究机关）的监视(shi)下逃(tao)走(zou)，从此就没了(le)音(yin)训(xun)。
　　另一(yi)方面，航(hang)空自(zi)卫(wei)队F15J飞行(hang)员真木舜一（别所哲也(ye)），为了多(duo)点(dian)时间陪伴患有先天(tian)性疾病的(de)儿子继(ji)梦决定辞去官(guan)职。在(zai)最后一次飞行中真(zhen)木与“红(hong)色发光体(ti)”在空中相遇(yu)。这(zhe)是(shi)the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后(hou)转职成为了(le)民(min)航机飞(fei)行员，展开了新生活。对这(zhe)样的(de)真木(mu)还是有机关非常关注(zhu)，尤其(qi)是BCST中(zhong)的(de)化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制(zhi)带走，在废工厂(chang)中搭建的(de)BCST研究室进行(hang)身体上的监视。此时行踪不(bu)明(ming)的怪兽(shou)THE ONE像被(bei)某种东西吸引(yin)而回(hui)来(lai)了。遭受THE ONE攻击而(er)濒死的(de)真(zhen)木，身体发生了变化，在红色(se)光球的力(li)量(liang)之下变身(shen)了！变成(cheng)身高(gao)10M拥有银色光(guang)芒(mang)的钢铁(tie)身体型态，偶(ou)而(er)还(hai)有自(zi)己意志的真(zhen)木，跟(gen)THE ONE展开作战，但是因为变身不完(wan)全，能(neng)量快速消(xiao)耗，在(zai)遭到决定性的一击后(hou)变回了(le)真(zhen)木(mu)舜一(yi)的型(xing)态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在(zai)从东京(jing)被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院(yuan)的消(xiao)息,在赶到医(yi)院后跟妻子蓉子再次的碰面(mian)了。此(ci)时,人类最大的危机出现了(le),在吸收了(le)各式各样(yang)的生物进(jin)入体内(nei)而产生变(bian)异的"THE ONE"重返出现在新宿的街(jie)道上,从口中发出的的超绝(jue)火炎光弹将街道(dao)烧毁殆尽(jin)有恸的人(ren)格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为(wei)人(ren)的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的(de)情侣为了沙罗心中的(de)回忆，并且为了跟(gen)儿(er)子继梦的(de)约定(ding)，为了保护(hu)心爱(ai)的家族，真木再次变身。那个(ge)姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血(xue)般的红色，两(liang)肘的特征是出(chu)现肘(zhou)刀(dao)。现在，以新宿副市中心为(wei)舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃(ran)烧了！